进入2020年以来，非洲猪瘟在我国的传播已被基本控制，但仍有零星散发病例出现。非洲猪瘟对生猪育种工作带来的影响仍未消退，传统生猪育种工作也面临新的挑战。

首先是种猪测定难度加大。育种工作最重要的就是测定数据，根据测定的数据，经过复杂的模型计算进行选育。没有数据，育种工作也就成了无源之水无本之木。由于生物安全和动物疫病防控需要，测定人员活动范围受限，种猪测定的次数大幅下降，经过培训的专业测定人员也存在严重的流失。

其次是遗传进展变缓。前期非洲猪瘟导致母猪存栏的大幅降低，当前处在恢复生猪生产的关键时期，为保证生猪产能，降低了母猪的淘汰率，再加上公猪的使用年限延长，增加了世代间隔，减缓了遗传进展。

第三是遗传交流受限。当前国内非洲猪瘟等重大动物疫病和新冠肺炎疫情影响叠加，全球情况更加复杂，跨省、跨国调运存在较大生物安全风险，且程序烦琐，影响了种畜禽及其遗传物质的跨区域交流。第四是由于种猪销售不畅、生物安全防控费用增加等原因，导致核心市场资金链紧张，核心市场需政策、资金持续支持。